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ANTES:
Decreto Ejecutivo N.° 41820-H del 19 de junio de 2019, denominado “Reglamento de Comprobantes Electrónicos para efectos tributarios”

Artículo 20.- De la confirmación efectuada por el emisor receptor electrónico o el receptor electrónico no emisor:

Cuando el emisor receptor electrónico adquiera o compre bienes o servicios directamente relacionados con el giro comercial de su negocio, el comprobante electrónico debe ser confirmado (total o parcialmente) o en su defecto rechazado por parte del receptor del comprobante. Para tales efectos, la confirmación o rechazo deberá ser enviada a la Dirección General de Tributación para su respectiva validación, en el plazo que se establezca en la resolución respectiva. En caso de ser rechazado el mensaje de confirmación, se debe realizar un nuevo mensaje.
La confección de este mensaje de confirmación o rechazo por parte del receptor, es de carácter obligatorio para el respaldo de las compras que este realice y que incidan en las declaraciones tributarias autoliquidativas…
Fuente: https://www.hacienda.go.cr/ATV/ComprobanteElectronico/docs/esquemas/2016/v4.3/REGLAMENTO_DE_COMPROBANTES_ELECTRONICOS.pdf

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AHORA:
Decreto N° 42195-H Modificación al Decreto Ejecutivo N° 41820-H del 19 de junio de 2019, denominado “Reglamento de Comprobantes Electrónicos para efectos tributarios”

Artículo 20.- De la confirmación efectuada por el emisor receptor electrónico o el receptor electrónico no emisor:

Cuando el emisor receptor electrónico o el receptor electrónico no emisor adquieran o compren bienes o servicios directamente relacionados con el giro comercial de sus negocios y no estén cubiertos por un beneficio fiscal, podrán confirmar el comprobante electrónico en su totalidad, para que aquéllos se constituyan en créditos o gastos deducibles; o, en su defecto, deberán rechazarlo total o parcialmente.
Si el emisor o receptor del comprobante electrónico no lo confirma en el plazo que al respecto establezca la Dirección General de Tributación mediante resolución general, se presumirá que lo ha aceptado totalmente y, en consecuencia, formará parte de las operaciones o transacciones que incidan en sus declaraciones autoliquidativas…
Fuente: https://www.imprentanacional.go.cr/pub/2020/02/10/ALCA18_10_02_2020.pdf

Rige a partir de su publicación en el Diario Oficial La Gaceta.
Dado en la Presidencia de la República. San José, a los siete días del mes de febrero del dos mil veinte.

Publicado en ALCANCE 18 A LA GACETA 26
San José, Costa Rica, lunes 10 de febrero del 2020.

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Lo que se quita es la obligación de emitir mensaje de receptor para poder usar el comprobante de compra como respaldo (antes había que emitir mensaje de receptor y ahora no es necesario) y solo aplica para los que no tengan beneficios fiscales como exoneraciones.

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El problema es que si no se envía una confirmación de rechazo en el plazo establecido “se presumirá que lo ha aceptado totalmente y, […] formará parte de las […] declaraciones autoliquidativas”, lo cual no tiene mucho sentido, pues podría ocurrir que alguien por error le facture a uno sin que haya solicitado la factura electrónica, o que no me manden el Xml, o que se me pase el período de tiempo para enviar el rechazo.

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Sí, entiendo, eso va a pasar con mucha frecuencia.
Pero esos errores nos pueden salir caros.
Facturar y no entregar el comprobante al receptor es incumplimiento del reglamento.

Decreto No. 41820-H
Reglamento de comprobantes electrónicos para efectos tributarios
Artículo 18- De la emisión y entrega de comprobantes electrónicos.
… debe entregar al adquirente o comprador del bien o servicio el comprobante electrónico y la representación gráfica, por el medio que se hubiese acordado una vez generados por el sistema…

Se debe solicitar tiquete electrónico cuando no se necesita el comprobante…
Si le envían factura, rechazar y solicitar que emitan tiquete electrónico.

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